Σε έναν κόσμο όπου οι θάλασσες ήταν γεμάτες μυστήρια και τα νησιά έκρυβαν θησαυρούς, ζούσε ένα γενναίο κορίτσι, η Λιλή, και ο πιστός της φίλος, ένα πανέξυπνο παπαγαλάκι με το όνομα Λούης. Η Λιλή δεν ήταν μια συνηθισμένη κοπέλα. Ήταν η κόρη του διάσημου πειρατή, Καπετάνιου Μαυρογένη, ο οποίος είχε εξαφανιστεί μυστηριωδώς πριν από καιρό.
Μια βροχερή νύχτα, ενώ η Λιλή ξεφύλλιζε τον παλιό χάρτη του πατέρα της, ο Λούης, ο παπαγάλος, άρχισε να κράζει ενθουσιασμένος: "Θη-σαυ-ρός! Μα-μά-μαργαριταρένιο Νησί!" Η Λιλή κοίταξε πιο προσεκτικά τον χάρτη. Ένα σημείο, ζωγραφισμένο με κόκκινο Χ, έγραφε: "Το μυστικό του Μαργαριταρένιου Νησιού". Ο Καπετάνιος Μαυρογένης είχε πει πως το Μαργαριταρένιο Νησί έκρυβε κάτι πολύ σημαντικό, ίσως όχι μόνο χρυσό, αλλά και την αλήθεια για την εξαφάνισή του.
Χωρίς να χάσει χρόνο, η Λιλή ετοίμασε το μικρό της καΐκι, τη «Θαλασσινή Αύρα», και σάλπαρε με τον Λούη. Ο ήλιος έλουζε τις θάλασσες με χρυσάφι και το αεράκι γέμιζε τα πανιά. Ταξίδεψαν για μέρες, περνώντας από τροπικά νησιά με πολύχρωμα πουλιά και γαλάζιες λιμνοθάλασσες.
Μια μέρα, ένα μεγάλο πειρατικό πλοίο, η «Μαύρη Καταιγίδα», εμφανίστηκε στον ορίζοντα. Ήταν το πλοίο του Καπετάνιου Κόκκινο-Μούσι, του χειρότερου εχθρού του πατέρα της Λιλής! Ο Κόκκινο-Μούσης είχε ακούσει για τον χάρτη και ήθελε να βρει το Μαργαριταρένιο Νησί πρώτος.
«Παπαγαλάκι, δείξε μου τον χάρτη!» φώναξε με τη βραχνή του φωνή ο Κόκκινο-Μούσης.
Η Λιλή, γενναία, έστριψε απότομα το τιμόνι. Η «Θαλασσινή Αύρα» ήταν μικρή αλλά γρήγορη! Έκανε ελιγμούς ανάμεσα σε βράχους και μικρά νησάκια, ενώ οι κανονιές από τη «Μαύρη Καταιγίδα» έπεφταν γύρω της. Ο Λούης πετούσε πάνω από το κεφάλι της Λιλής, δείχνοντάς της τον δρόμο.
Ξαφνικά, η «Θαλασσινή Αύρα» πέρασε μέσα από μια ομίχλη και μπροστά τους ξεπρόβαλε ένα νησί που έλαμπε! Ήταν το Μαργαριταρένιο Νησί, με αστραφτερούς βράχους που έμοιαζαν με γιγάντια μαργαριτάρια! Η «Μαύρη Καταιγίδα» κόλλησε στα ρηχά, αφού δεν μπορούσε να περάσει από τα αστραφτερά κοράλλια που το προστάτευαν.
Η Λιλή και ο Λούης πήδηξαν στην ακτή. Το νησί ήταν μαγικό! Τα δέντρα είχαν φύλλα σαν πολύτιμους λίθους και τα λουλούδια έμοιαζαν με φωτεινά κοχύλια. Ακολούθησαν τον χάρτη, περνώντας μέσα από μια σπηλιά που έλαμπε σαν ουράνιο τόξο.
Στο τέλος της σπηλιάς, βρήκαν όχι χρυσό, αλλά κάτι πολύ πιο σπουδαίο: έναν παλιό κορμό δέντρου, σκαλισμένο με ένα πειρατικό σύμβολο. Δίπλα του, ήταν ένα ξύλινο μπαούλο. Μέσα, δεν υπήρχε χρυσός, αλλά ένα σημειωματάριο γεμάτο σχέδια και ιδέες για τη δημιουργία ενός... φάρου! Και ένα σημείωμα που έγραφε: "Αγαπημένη μου Λιλή, ο αληθινός θησαυρός δεν είναι ο χρυσός, αλλά η γνώση και η ελπίδα. Ο φάρος αυτός θα οδηγεί τους ναυτικούς με ασφάλεια. Να είσαι πάντα γενναία."
Η Λιλή κατάλαβε. Ο πατέρας της δεν είχε εξαφανιστεί. Είχε μείνει στο νησί για να χτίσει αυτόν τον φάρο! Και λίγο πιο πέρα, ανάμεσα στα ψηλά δέντρα, είδε έναν ψηλό, περήφανο φάρο να δεσπόζει! Ο Καπετάνιος Μαυρογένης είχε γίνει ο Φαροφύλακας του Μαργαριταρένιου Νησιού!
Η Λιλή και ο Λούης έτρεξαν στον φάρο και βρήκαν τον Καπετάνιο Μαυρογένη, ο οποίος τους αγκάλιασε σφιχτά. Είχε αφήσει τον πειρατικό βίο για να κάνει κάτι καλό για τη θάλασσα και τους ναυτικούς.
Ο Καπετάνιος Κόκκινο-Μούσης, βλέποντας τον φάρο, κατάλαβε ότι δεν υπήρχε χρυσός. Ο θυμός του μετατράπηκε σε απογοήτευση και σιγά σιγά έφυγε από το νησί, ψάχνοντας αλλού για περιπέτειες.
Η Λιλή έμεινε με τον πατέρα της στο Μαργαριταρένιο Νησί, βοηθώντας τον να φροντίζει τον φάρο. Έμαθε πως η μεγαλύτερη περιπέτεια είναι να ακολουθείς την καρδιά σου και να βρίσκεις τους δικούς σου, μοναδικούς θησαυρούς. Και ο Λούης; Συνέχισε να κράζει ιστορίες για το Μυστικό του Μαργαριταρένιου Νησιού σε κάθε πλοίο που περνούσε!